Nació en Lima en 1961. Realizó sus estudios de Licenciatura y Maestría en la Pontificia Universidad Católica del Perú, donde fue profesor de historia de 1985 a 1989, y los de Doctorado en la Universidad de Sevilla, donde fue profesor invitado en 1985 y 1991.
         Sus libros -a caballo entre las memorias, el ensayo y la creación literaria- han recibido numerosos elogios: "Fernando Iwasaki Cauti explora la historia con ojos de artista y creador de ficciones" (Mario Vargas Llosa); "Iwasaki se ha propuesto antes que nada deleitarnos y de paso instruirnos" (Guillermo Cabrera Infante); "Fernando Iwasaki escribe como si estuviera celebrando espontáneamente un milagro" (Juan Manuel de Prada); "La prosa de Iwasaki es un ejemplo de lo que debe ser la prosa castellana de fines del siglo XX, como la de su paisano Ricardo Palma, autor de las inolvidables Tradiciones Peruanas, fue un modelo del buen decir decimonónico" (Luis Alberto de Cuenca).
         Es «Premio Copé» de Narrativa (Lima, 1998); Conference on Latin American History Grant Award (New York, 1996); Premio Fundación del Fútbol Profesional (Madrid, 1994) y Premio de Ensayo «Alberto Ulloa» (Lima, 1987). Ha sido colaborador de Diario de Sevilla (1999-2000), La Razón (1998-2000), El País (1997-1998), Diario 16 (1991-1996), Expreso (1986-1989) y La Prensa (1983-1984).
         Fue director del área de cultura de la Fundación San Telmo de Sevilla (1991-1994) y profesor de la Universidad del Pacífico de Lima (1988-1989). Desde 1989 reside en Sevilla, donde es director de la revista literaria Renacimiento, director de la Fundación Cristina Heeren de Arte Flamenco (www.fcheeren.es) y columnista del diario ABC.